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首頁 > 科學論文 > > Sirt6基因啟動子區域的轉錄因子結合位點預測
Sirt6基因啟動子區域的轉錄因子結合位點預測
>2023-10-29 09:00:00


Sirt家族 (Silent mating type information regulation 2homolog, sirtuin)是一類廣泛存在于生物體內,與能量代謝有關的蛋白質[1].Sirt家族存在7種同源蛋白,分別是Sirt1~7,其中對Srit1的研究最充分,而對Sirt6的研究剛起步。人Sirt6基因定位于19p13.3,蛋白定位于細胞核,具有NAD+依賴的去乙?;富钚院虯DP核糖基轉移酶的活性[2].研究表明,Sirt6在維持基因組的穩定性[3]、能量限制[1]、延緩衰老[2]、炎癥[4]以及腫瘤[5]等過程發揮重要作用,因此機體對Sirt6基因的精確表達調控至關重要,目前關于這方面的研究尚不明確。本文采用生物信息學的方法對Sirt6基因的啟動子區域的轉錄因子結合位點進行預測,為進一步研究Sirt6基因的功能與調控機制奠定基礎。

1 材料與方法

1.1 人 Sirt6 基因 5‘調控區序列的獲得在GeneBank數據庫里搜索人(HOMO) Sirt6基因(ID: 51548),以轉錄起始點為界限,截取基因組序列中其上游2000 bp至下游200bp共2200 bp (-2000 bp ~ +200 bp)作為sirt6基因5’調控區進行序列分析。

1.2 Sirt6基因 5‘調控區序列上轉錄因子結合位點的預測利用在線分析軟件JASPAR 對Sirt6基因5’調控區序列上轉錄因子結合位點進行預測,參數設定如下:選擇脊椎動物核心數據庫(JASPAR Core Vertebrata),Num-ber of matrices選擇200,Type選擇Within each matrix,Relativeprofile score threshold選擇85%、90%、95%和100%.

2 結果

Relative profile score threshold在85%~100%時,利用在線軟件JASPAR對Sirt6基因啟動子可能的轉錄因子結合位點數分別為939、276、70和9個。其中Relative profile score threshold在100%的轉錄因子結果位點如表1所示,包括因子Ahr (Aryl hydrocar-bon receptor)、SPIB (Spi-B transcription factor)、Pdx1 (Pancreaticand duodenal homeobox 1)、Prrx2 (paired related homeobox2)、MZF1 (myeloid zinc finger 1)、Mafb (v-maf avian muscu-loaponeurotic fibrosarcoma oncogene homolog B)和KLF5(Kruppel-like factor 5 )。3 討論==生物體內基因表達調控是一個復雜的網絡系統,可表現在轉錄和翻譯水平。將生物信息學技術和分子生物學實驗技術聯合應用是研究基因表達調控的常用手段。研究表明,Sirt6蛋白可被磷酸化,進而影響其酶活性,參與乳腺癌的發生以及藥物的抵抗[6].Sirt6酶的活性還具有晝夜節律,進而調節機體的代謝[7].但是關于Sirt6基因的轉錄前水平的調控鮮有報道。我們通過生物信息學方法預測,發現Sirt6基因啟動子上具有多個與轉錄因子結合的位點,包括因子Ahr、SPIB、Pdx1、Prrx2、MZF1、Mafb和KLF5.Ahr是芳香族化合物受體,屬于堿性螺旋-環-螺旋(basic helix-loop-helix, bHLH)家族的轉錄因子,在干擾內分泌、阻遏免疫系統、致癌以及調節細胞節律方面具有重要作用[8];SPIB是輻射敏感基因,在機體受到輻射反應中發揮作用[9];Pdx1是胰腺發育與分化,特別是β細胞成熟的重要轉錄因子[10];Prrx2是與病理性瘢痕有關的因子[11];MZF1是與腫瘤的發生有關的轉錄因子[12];Mafb在紅細胞的生成過程起重要作用,其過表達可引起骨髓細胞的致癌性轉化[13];KLF5是與腫瘤有關的轉錄因子[14].Sirt6基因的表達調控與具體疾病的關系是否與這些轉錄因子有關,有待于進一步的實驗研究。

Sirt6是一個多功能的蛋白,參與衰老與疾病發生的調節過程。

我們通過生物信息學分析發現Sirt6基因啟動子存在多個轉錄因子結合位點,為研究Sirt6基因表達調控奠定基礎。

參考文獻

[1]周 犇 , 翟琦巍。 Sirtuin蛋白家族和糖脂代謝[J]. 生命科學, 2013(02):140-151.
[2]李軍, 魏繼武, 蔣愛芹。 SIRT6 --一個重要的壽命和腫瘤調控蛋白質[J]. 生命的化學, 2013(05):514-520.
[3]趙干業, 韓麗敏, 童坦君。 SIRT6 功能與疾病研究進展[J]. 生理科學進展, 2014(04):299-303.

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